В сезоне-2009 67-летний Эдуард Малофеев возглавлял санкт-петербургское «Динамо».
По сообщению пресс-службы клуба, 24 ноября состоялось заседание общего собрания акционеров ЗАО «ФК «Шахтер». В ходе рассмотрения итогов футбольного сезона-2009 было принято прошение об отставке главного тренера «Шахтера» Алексея Вергеенко. В качестве нового главного тренера акционерами утвержден Эдуард Малофеев, сообщает БелаПАН.
В минувшем сезоне «Шахтер» занял шестое место в национальном чемпионате. В 2008 году команда была четвертой, в 2007-м и 2006-м — третьей, в 2005-м — первой.
В сезоне-2009 Малофеев возглавлял санкт-петербургское «Динамо», которое вывел в первую лигу российского чемпионата. По состоянию здоровья он отказался продолжить работу в этой команде.
В 2000—2003 годах Малофеев был главным тренером национальной сборной Беларуси.