Брат президента был одним из семерых фигурантов уголовного дела, возбужденного в 2004 году. В частности, Исса обвинялся в побоях и изнасиловании афганца, с которым он, по версии следствия, не сумел договориться об условиях сделки. Сцены побоев были записаны на видео.
В ходе судебного разбирательства защита шейха утверждала, что в момент происшествия он не мог контролировать свои поступки, так как находился под воздействием обезболивающих. Кроме того, настаивал адвокат, непосредственно перед инцидентом его клиенту подсыпали наркотики, которые также нарушили его восприятие.
По версии защиты, запрещенные вещества шейху подсыпали бывшие в тот момент его деловыми партнерами братья Бассам и Гассан Набулси. Именно они, утверждала сторона ответчика, были ответственны за курс лечения, который проходил брат президента.
Рассмотрев дело, суд счел доводы защиты шейха обоснованными и признал члена королевской семьи невиновным. В то же время суд признал вину его деловых партнеров, которые, по версии адвоката, намеренно спровоцировали конфликт и засняли пытки на камеру, чтобы в будущем шантажировать шейха. Оба были заочно приговорены к пяти годам тюремного заключения.
Еще трое фигурантов дела, личности которых не раскрываются, были также признаны виновными. Седьмой обвиняемый - сотрудник правоохранительных органов - был оправдан.
Исса стал не первым членом королевской семьи Абу-Даби, попавшим под следствие за нанесение побоев. В 2008 году суд Женевы оштрафовал его сводного брата шайха Фалаха бин Зайеда бин Султана аль-Нахьяна за нападение в 2003 году на жителя Нью-Йорка.
Истец утверждал, что Фалах, который попытался подарить ему бутылку с шампанским в одном из баров Женевы, стал приставать к нему. Получив отказ, шейх якобы ударил американца по лицу ремнем с металлической пряжкой. Сам обвиняемый заявил, что американец оскорбил его, назвав гомосексуалистом. По словам шейха, он действительно достал ремень, но своего обидчика не бил.
Летом 2009 года Верховный суд Швейцарии решение нижестоящей инстанции отменил. Суд счел, что в деле не было состава преступления, так как ремень с пряжкой, с которым шейх напал на американца, не является опасным предметом.