Свергнутый президент более четырех месяцев укрывался на территории посольства Бразилии в столице Гондураса - Тегусигальпе. В среду, 27 января, Селайя покинул посольство и направился в аэропорт в сопровождении президента Доминиканской республики Лионеля Фернадеса и Порфирио Лобо - вновь избранного президента Гондураса.
Военный переворот в Гондурасе произошел 28 июня 2009 года. Накануне дня проведения референдума о праве президента баллотироваться на второй срок Селайя под конвоем военных был вывезен за пределы страны. Отстранение от власти Мануэля Селайи поддержал Верховный суд и парламент Гондураса. Исполняющим обязанности президента был назначен спикер парламента Роберто Мичелетти.
Военный переворот в Гондурасе осудила Генассамблея ООН и правительства большинства стран мира, потребовавшие вернуть власть законно избранному президенту. Однако все попытки переговоров с путчистами о возвращении Селайи в страну завершились неудачей.
21 сентября 2009 года Мануэль Селайя вернулся в Тегусигальпу, где укрылся на территории посольства Бразилии. Военные, пришедшие к власти в Гондурасе, согласились провести досрочные президентские выборы, но при условии, что Селайя не будет принимать в них участие. На выборах, состоявшихся в конце ноября 2009 года, победу одержал Порфирио Лобо.
В январе 2010 года Мануэль Селайя заявил, что согласен покинуть Гондурас, но лишь после того, как вновь избранный президент будет приведен к присяге, а срок его полномочий официально истечет. 27 января Порфирио Лобо был приведен к присяге, и через несколько часов после этого события Мануэль Селайя покинул свое укрытие в бразильском посольстве.