Представители компании Kraftway в декабре 2009 года подали в антимонопольные органы жалобу, в которой утверждали, что условия конкурса делают возможной победу лишь поставщиков компьютеров корпорации Apple.
В 2009 году на поставку компьютеров был выделен миллиард рублей, в последующие три года ежегодный бюджет программы будет увеличен до 2,5 миллиарда рублей. До сих пор большинство конкурсов выигрывали входящие в группу ECS Group компании "ДПИ-компьютерс" и "Эппл Айэмси", специализирующихся на поставках техники Apple.
В жалобе Kraftway говорилось, что требования к компьютерам, изложенные в документации, исключают использование в качестве ОС Windows и систем на базе ядра Linux. В частности, они могут обеспечить увеличение изображений на экране лишь в 16 раз, в то время как требуется в 20. Такое увеличение дает лишь операционная система Apple Mac OS X 10.6 Snow Leopard.
В ответе службы, в частности, указывается, что документ Минобрнауки был опубликован еще летом специально для проверки на возможные нарушения. Таким образом, Kraftway обжаловала условия только через несколько месяцев. Представители Kraftway рассматривают возможность повторного обращения в ФАС с просьбой о создании условий для конкуренции.