Морской спецназ, взявший пиратов в плен, обезоружил преступников и высадил их в резиновую лодку на месте инцидента. Средства навигации, которыми пользовались пираты, были конфискованы. В лодке был установлен радиомаяк, сигнал от которого пропал примерно через час после освобождения.
Глава пресс-службы военного ведомства полковник Алексей Кузнецов заявил, что решение отпустить пиратов было связано с несовершенством международной нормативно-правовой базы. Согласно Конвенции по морскому праву, капитан БПК "Маршал Шапошников" мог либо отпустить пленников, либо передать их в руки российского правосудия, и выбрал первый вариант. Судья международного трибунала ООН по морскому праву Анатолий Колодкин считает, что это решение "было согласовано с органами власти РФ".
Делопроизводство о нападении на "Московский университет" было затруднено тем, что никто из членов экипажа захваченного танкера не видел нападавших лично - команда забаррикадировалась в одном из отсеков. Соответственно моряки не могли опознать преступников, которые в свою очередь заявили, что сами находились в заложниках у пиратов и на борт российского танкера высадились по их принуждению.
Нападение на танкер "Московский университет" с 23 российскими моряками на борту было совершено в Аденском заливе 5 мая. Операция по освобождению судна была проведена утром 6 мая большим противолодочным кораблем "Маршал Шапошников", с которого на танкер высадился морской спецназ. При штурме один из пиратов был убит, десять захватчиков взяты в плен. Первоначально сообщалось, что их отправят в Россию и будут судить за пиратство.