Отставной военный попал под арест в рамках расследования дела о предполагаемом заговоре против президента Боливии Эво Моралеса. По версии следствия, Прадо оказывал заговорщикам посильную помощь. Тем не менее, арестовывать его не планировалось, пока он не стал игнорировать заседания суда по этому делу. По словам сына генерала и его адвоката Гари Прадо Арауса (Gary Prado Arauz), отец не стал бы пропускать судебные заседания, если бы не рекомендации врачей, которые не советуют ему посещать высокогорье из-за больного сердца (город Кочабамба, где идет процесс, находится на высоте 2558 метров над уровнем моря).
Расследование заговора против Моралеса тянется с 2009 года. Тогда полиция боливийского Санта-Круса провела спецоперацию, в результате которой были убиты выходцы из Восточной Европы Эдуардо Рожа (Eduardo Rozsa) и Мадьяроши Арпак (Magyarosi Arpak), а также ирландец Майкл Мартин Дуэйер (Michael Martin Dwayer). Также были арестованы уроженец Венгрии Элод Тоашо (Elod Toaso) и хорват боливийского происхождения Марио Тадич (Mario Tadic). Вышеназванных лиц объявили террористами, которые собирались свергнуть правящий режим Моралеса.
Подозрения пали и на генерала Прадо. Его обвинили в пособничестве террористам. В частности, как выяснили следователи, пожилой военный встречался с Рожа, которого считают лидером группировки, и обсуждал с ним грядущий переворот. Гари Прадо Араус утверждает, что его отец не знал, что встречается с заговорщиком, так как тот представлялся журналистом, пишущим о Че Геваре.
Так или иначе в мае 2010 года генерал Прадо, проживающий в городе Санта-Крус, был взят под мягкий домашний арест. Ему запретили покидать страну, но разрешили отлучаться в университет, где он работает преподавателем.
По общепринятой версии, Гари Прадо Сальмон командовал взводом, который в 1967 году нашел и взял в плен Эрнеста Че Гевару на территории Боливии, где кубинский команданте занимался подготовкой партизан. Примечательно, что генерал Прадо последние 30 лет прикован к инвалидной коляске - в 1981 его случайно ранил офицер-сослуживец, в результате чего он потерял способность самостоятельно передвигаться.