По данным РИА Новости, бывшего полевого командира Армии освобождения Косово (АОК) передали европейскому правосудию после того, как Конституционный суд Косово лишил Лимая депутатской неприкосновенности. По информации агентства, влиятельного политика и еще девятерых косовских албанцев обвиняют в пытках и казни двух сербских полицейских в селе Клечка в Косово в 1999 году.
В соответствии с постановлением судьи миссии ЕС в Косово (EULEX), у Лимая изъят паспорт и депутатское удостоверение. По данным следствия, преступления, вменяемые Лимаю, были совершены в первой половине 1999 года, когда Косово перешло под контроль ООН и НАТО. Как отмечает АР, политик, ранее занимавший пост министра транспорта в коалиционном правительстве Хашима Тачи, также проходит подозреваемым по делу о хищении государственных средств.
В 2005 году, Фатмира Лимая также обвиняли в пытках и убийствах этнических албанцев на территории Косово. Однако впоследствии из-за недостатка улик бывшего полевого командира оправдали.
Фатмир Лимай повторно стал депутатом парламента Косово на выборах в декабре 2010 года. Однако с учетом подозрений в коррупции, Хашим Тачи, вероятно под давлением ЕС, принял решение не включать Лимая в состав кабинета министров. Впервые обвинения в хищении средств в отношении Лимая прозвучали еще до декабрьских выборов, когда тот занимал пост министра транспорта.