Его смерть была звеном в цепи похищений, убийств и странных смертей оппозиционеров в Беларуси.
12 ноября 1996 года в 7 часов 30 минут на 286-ом километре трассы Брест-Минск, автомобиль «Джип Чероки», который принадлежал президенту Национального центра стратегических инициатив «Восток-Запад», известному журналисту и политологу Анатолию Майсене, на большой скорости около деревни Яблоневка столкнулся с «Газ-53».
По официальной версии, которая полностью построена на выводах сотрудников Столбцовского РОВД, виновником автопроисшествия является Майсеня, ведь именно он «не справился с управлением». Если говорить проще, то Анатолий Майсеня, который умер по дороге в больницу, банально уснул за рулем. Однако есть и неофициальная точка зрения, по которой смерть Майсени не была случайной.
И оснований для таких мнений немало. Дело в том, что Майсеня был в некотором смысле мостиком между Европой и Беларусью. Основная деятельность созданной Майсеней структуры попадает на начало девяностых годов прошлого века. Анатолия не без оснований считали тем, кто находится в оппозиции к власти.
Получалось, что диалог между белорусской властью и Западом осуществляет оппозиционер. Действительно, центр «Восток-Запад», точнее, мероприятия, которые он проводил, были местом, где контактировали представители Европы, НАТО и Беларуси.
Сразу после аварии на место катастрофы приехал бывший следователь и бывший первый министр внутренних дел Юрий Захаренко (был похищен тремя годами позже) Его выводы были однозначными - убийство. Они и стали катализатором версии о том, что новая власть банально «убрала» влиятельного оппонента.
В роковом ноябре 1996 года Майсеня ездил на конференцию в Рим, после которой поехал к знакомым в Германию. Вернуться он на самом деле торопился, потому и ночевать в Германии не стал. Авария произошла совсем недалеко от родной деревни Майсени. А через два недели произошел печально известный «референдум», установивший в Беларуси диктатуру.