По словам Прокопенко, в 1991 году в ходе визита в главный архив КГБ он случайно наткнулся на досье графа Михаила Толстого-Кутузова, эмигрировавшего из революционной России в 1917 году. Тщательно изучить документы у Прокопенко не получилось, однако он выяснил, что граф работал вместе с Валленбергом в Будапеште и фактически докладывал советской разведке о всех перемещениях шведа.
В 1945 году Рауль Валленберг был схвачен красноармейцами и вывезен в СССР, где, по официальным данным, в 1947 году скончался в тюрьме от сердечного приступа. В то же время, по версии начальника управления регистрации и архивных фондов ФСБ Василия Христофорова, есть вероятность, что Валленберг умер не своей смертью, а был убит. Обстоятельства жизни и смерти Валленберга пытался установить его сводный брат Ги фон Дардель (Guy von Dardel).
После увольнения из Особого архива Прокопенко связался с фон Дарделем и посоветовал ему обратиться в ФСБ, рассказав о досье Толстого-Кутузова. На Лубянке шведу заявили, что такого досье не существует. Однако фон Дардель проявил настойчивость и сослался на Прокопенко, после чего получил несколько страниц досье на российского графа, в котором фамилия Валленберга не упоминалась.
По мнению российского историка, в СССР полагали, что Рауль Валленберг обладал информацией о связях нацистов с Великобританией и США. Принято считать, что спасением евреев из Будапешта Валленберг занимался по инициативе правительства США и с разрешения Стокгольма. О какой-либо шпионской деятельности шведского дипломата ничего не известно.
В 1944-1945 годах, Рауль Валленберг работал в шведском представительстве в оккупированной нацистами Венгрии. Пытаясь помочь венгерским евреям, он выдал 20 тысячам жителей гетто документы на выезд в Швецию. Еще около 70 тысяч человек дипломат спас от расправы, убедив немецких командиров не уничтожать еврейские поселения в Будапеште. В 1963 году израильский мемориальный комплекс "Яд Вашем" назвал Валленберга "праведником народов мира". В 2000 году российская Генпрокуратура посмертно реабилитировала дипломата, признав его его жертвой политических репрессий.
Анатолий Прокопенко известен, среди прочего, тем, что в 1990 году, будучи директором Особого архива, представил Михаилу Горбачеву документы, подтверждающие массовый расстрел польских военнослужащих под Катынью.