Орланди была похищена неизвестными людьми. Считается, что она была убита, однако ее тело не нашли. По одной из версий, убийство девушки должно было послужить предупреждением ее отцу. Якобы незадолго до похищения дочери служащий Ватикана обнаружил документальные доказательства того, что банк Ватикана был связан с преступными организациями. Предположительно, Эмануэлу Орланди заказали убить, чтобы заставить ее отца молчать.
Ответственность за убийство была возложена на Энрико де Педиса, главаря римской преступной группировки Мальяна (Magliana). Де Педис был убит в перестрелке с представителями враждующей группировки в 1990 году. В 2008 году в причастности к похищению Орланди заподозрили бывшего главу банка Ватикана архиепископа Пола Марцинкуса. К тому времени он, однако, был его уже не было в живых.
Подозрения в причастности Ватикана к похищению Орланди у общественности также вызвал тот факт, что предполагаемый убийца де Педис был удостоен чести быть похороненным в усыпальнице в Базилике Сант-Аполлинаре, где обычно хоронят представителей церкви.
По одной из версий, останки Эмануэлы Орланди были захоронены в одной могиле с де Педисом. Брат убитой девушки Пьетро Орланди заявил, что считает нужным вскрыть могилу мафиози, чтобы установить, находятся ли там останки его сестры. Прокуратура Рима, однако, отказалась требовать от Ватикана вскрытия могилы мафиози, отмечает La Stampa.
Представители Ватикана продолжают настаивает на том, что в свое время раскрыли всю имеющуюся у них информацию о похищении девушки. Святой престол также опроверг заявления полиции о причастности к похищению девушки архиепископа Пола Марцинкуса.