В 2006 году Шефер был приговорен к 20 годам тюрьмы за пытки и издевательства над детьми и другими узниками секретного лагеря. С июля 2009 года он находился в больнице из-за проблем с сердцем, которые в результате и стали причиной его смерти.
В годы войны Пауль Шефер служил фронтовым медиком в гитлеровской армии. В конце 1950-х годов он бежал из Германии в Чили, чтобы скрыться от обвинений в педофилии. Основанное им тайное поселение "Дигнидад" ("достоинство"), которое сам Шефер называл "благотворительным и образовательным обществом", просуществовало с 1961 по 1991 годы. На огороженной и практически автономной территории в 13 тысяч гектаров проживали сотни бежавших из Германии нацистов и их потомки. По версии ЦРУ, в их числе мог находиться Йозеф Менгеле, врач из Освенцима, за пытки и эксперименты над узниками прозванный "ангелом смерти".
В годы правления Аугусто Пиночета колония поддерживала тесные связи с режимом - считается, что власти использовали поселение в качестве концентрационного лагеря для диссидентов. Там же, по данным чилийских властей, пытали детей - в обвинительном вердикте Шеферу вменялись 26 случаев растления и пыток несовершеннолетних.
В 1997 году Шефер бежал из страны, а в 2005 его арестовали в Аргентине и выдали обратно в Чили.